한때 선갑도는 개발을 둘러싼 논란으로 한차례 홍역을 치러야 했습니다. 바로 90년대에 선갑도에 한국 최초의 방사성 폐기물 처분장, 즉 원전 폐기물 적재장소가 들어설 계획이었기 때문입니다.


때는 1992년, 과학기술처에서 선갑도 <중∙저준위 폐기물 영구처분시설>건설사업을 비밀리에 추진하게 됩니다. 선갑도에 방사성 폐기물 처분장을 만들고, 인천에서 가까운 섬 혹은 인천 내륙에 처분기술연구단지를 조성한다는 내용이었습니다. 문제는 당시에 해당 계획은 대외비로 분류가 되었기 때문에 정부 예산으로 부지를 매입할 순 없었다는 것입니다. 결국 선갑도를 빠른 시일 내에 재매입하여 준다는 약속 하에 당시 과기부 간부 지인으로 하여금 12억에 매입하게 합니다.

1995년, 인천 굴업도 핵폐기장 건설계획이 주민들의 반발 등으로 사실상 무산된 뒤, 선갑도는 그 대체지로 내정됩니다. 이후 과학기술부는 ''''종합해양연구단지''''건설을 명분으로 96년과 97년에 걸쳐 총 48억 원을 들여 해양연구소로 하여금 선갑도를 재매입하도록 합니다.

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